Steuerfallen bei internationalen KMU-Gruppen – und wie Sie sie gezielt vermeiden

Welche Steuerfallen drohen internationalen KMU-Gruppen?

Schnell wachsende internationale KMU-Gruppen, insbesondere im LifeScience und Tech Umfeld, bewegen sich in einem komplexen steuerlichen Umfeld. Mit zunehmender Internationalisierung – sei es durch Tochtergesellschaften für Forschung und Entwicklung (F&E), klinische Studien oder Vertrieb, oder durch eine US-Muttergesellschaft zur Kapitalaufnahme am US-Markt – steigt die Zahl der steuerlichen Schnittstellen rapide. Hinzu kommen internationale Mitarbeitende, hybride Finanzierungen und Investoren mit Sitz im Ausland.

Dieser Beitrag bietet eine strukturierte Übersicht über die häufigsten Steuerrisiken, die ich in meiner Beratungspraxis bei KMU-Gruppen mit Auslandsgesellschaften immer wieder sehe. Ziel ist nicht, Lösungen vorwegzunehmen, sondern Bewusstsein zu schaffen, wo rechtzeitig steuerliche Weichen gestellt werden sollten.

Gruppenstruktur und Substanz

Eine klare und dokumentierte Substanz ist die Basis jeder steuerlich tragfähigen Struktur. Damit ein Unternehmen von den Schweizer Standortvorteilen oder der Patentbox profitieren kann, müssen die wertschöpfenden Tätigkeiten – insbesondere die sogenannten DEMPE-Funktionen (Development, Enhancement, Maintenance, Protection, Exploitation) – effektiv in der Schweiz ausgeübt werden. In der Praxis bedeutet das, dass die Gesellschaft über qualifiziertes Personal, eigene Räumlichkeiten und Entscheidungsbefugnisse verfügen muss. Gerade bei Joint Ventures oder dezentralen Gruppenstrukturen ist eine detaillierte Dokumentation der Funktions- und Risikoallokation entscheidend. Fehlt diese Substanz, drohen die Aberkennung von Steuerprivilegien oder Doppelbesteuerungen, etwa wenn andere Staaten die Wertschöpfung beanspruchen.

Verrechnungspreise

Verrechnungspreise sind der neuralgische Punkt internationaler Strukturen. Zwar kennt die Schweiz keine Pflicht zur Erstellung eines Master- und Local File nach OECD-Vorgaben, dennoch müssen Unternehmen gegenüber den Schweizer Steuerbehörden nachweisen können, dass ihre internen Preise dem Drittvergleich standhalten. Entscheidend ist eine nachvollziehbare Dokumentation der Funktionen, Risiken und Vermögenswerte innerhalb der Gruppe. Dazu gehört auch, konzerninterne Verträge so zu gestalten, dass sie die ökonomische Realität widerspiegeln. Fehlende oder widersprüchliche Dokumentation führt rasch zu Gewinnkorrekturen oder Rückstellungen – oder unter Umständen sogar zu einer internationalen Doppelbesteuerung. Während dem die Schweiz keine Offenlegungspflichten von grenzüberschreitenden Steuerplanungen kennt, können involvierte EU-Auslandsgesellschaften von DAC6-Offenlegungspflichten betroffen sein. Ebenso sollten Unternehmen beachten, dass Schweizer Steuerrulings mit Auslandsbezug automatisch in den Informationsaustausch mit anderen Staaten fallen – ein Punkt, der in der Praxis oft übersehen wird.

Tiefe Gewinnsteuersätze und Standortfördermassnahmen

Die Schweiz bietet im internationalen Vergleich tiefe Gewinnsteuersätze – in der Nordwestschweiz, also in den Kantonen Basel-Stadt (BS), Basel-Landschaft (BL), Aargau (AG) und Solothurn (SO) liegen sie zwischen 13 und 15 Prozent (Stand 2025). Hinzu kommen kantonale F&E-Zusatzabzüge (BL, AG und SO) und die Patentboxbesteuerung (alle vier Kantone), welche die effektive Steuerbelastung auf Erträgen aus Patenten und vergleichbaren Rechten teilweise unter 11 Prozent senken können. Doch Vorsicht: Für Unternehmensgruppen, die unter die OECD-Mindeststeuer von 15 Prozent fallen, können diese Instrumente an Wirkung verlieren. Aus diesem Grunde haben in der Schweiz verschiedene Kantone bereits zusätzliche Standortfördermassnahmen eingeführt, so auch der der Kanton Basel-Stadt. Entsprechend entstehen neue Risiken in der buchhalterischen und steuerlichen Behandlung von damit zusammenhängenden auszahlbaren Steuergutschriften (refundable tax credits) oderDirektzahlungen. Werden diese mehrwertsteuerlich beispielsweise als Subvention eingestuft, kann dies zu einer Vorsteuerkürzung führen. Eine enge Abstimmung zwischen Buchhaltung und Steuerplanung ist deshalb unerlässlich.

Schweizer Verrechnungssteuer

Die Schweizer Verrechnungssteuer auf Dividenden ist ein wiederkehrendes Risikofeld – insbesondere bei ausländischen Aktionären. Ob eine Ausschüttung mit 35 % Verrechnungssteuer belastet oder gemeldet werden kann, hängt von der Nutzungsberechtigung und der Substanz der direkten Anteilseigner ab. Die Eidgenössische Steuerverwaltung prüft solche Fälle heute sehr genau, um Treaty- oder Rule-Shopping – ohne entsprechende Substanz – zu verhindern. Fehler in der Beteiligungskette oder ungenügende Substanz im Ausland können dazu führen, dass Rückerstattungen verweigert werden. Besonders heikel sind auch Unternehmensverkäufe: Wird eine Gesellschaft mit Sitz in der Schweiz verkauft bzw. übertragen, übernimmt der neue Aktionär unter Umständen eine schlechtere Position in Bezug auf die Rückerstattung der Verrechnungssteuern vom bisherigen Inhaber. Daher ist bei jedem Unternehmenskauf die Verrechnungssteuer Position des bisherigen Anteilseigners zur prüfen und so sicherzustellen, dass das Kaufobjekt mit keinen offenen (z.B. Altreserven) oder stillen Reserven belastet ist auf welchen der neue Anteilseigner die Verrechnungssteuer aufgrund der Verrechnungssteuer Position bisherigen Inhabers nicht zurückfordern kann.

Quellensteuer im Ausland

Umgekehrt kann auch das Ausland Quellensteuern auf Zahlungen an Schweizer Gesellschaften erheben – etwa auf Dividenden, Lizenz- oder Zinszahlungen. Hier sind die Voraussetzungen der jeweiligen Doppelbesteuerungsabkommen entscheidend, insbesondere der Principal-Purpose-Test und weitere in den Abkommen genannte Voraussetzungen. Eine sorgfältige Gestaltung der Vertragsbeziehungen und der Nachweis der Substanz sind zentral, um Rückerstattungen zu sichern. Fehlerhafte oder unvollständige Formulare – etwa das US-amerikanische W-8BEN-E – führen in der Praxis häufig dazu, dass Rückerstattungen verweigert oder Jahre später eingefordert werden. Auch die Frage, ob ein Lizenzvertrag ausländisch als Betriebsertrag oder passives Einkommen gilt, kann über die Höhe der Quellensteuer entscheiden. In Bezug auf Dividendenzahlungen aus Deutschland ist zu erwähnen, dass hier das Doppelbesteuerungsabkommen zwischen der Schweiz und Deutschland die vollständige Rückerstattung bzw. eine Freistellung von den Quellensteuern vorsieht, diese jedoch von Deutschland nur gewährt wird, wenn die dazu notwendigen Voraussetzungen nach dem deutschen Einkommenssteuergesetz erfüllt sind. Die Erfüllung dieser Voraussetzungen sind in einem Gesuch darzulegen.

Quellensteuer auf Arbeitnehmer- und Verwaltungsratsvergütungen

Internationale Beschäftigungsverhältnisse führen oft zu komplexen Quellensteuerfragen. Bei Grenzgängern oder internationalen Wochenaufenthaltern ist sicherzustellen, dass Arbeitstage und Tätigkeitsorte korrekt erfasst werden. Fehlen Aufzeichnungen oder klare Verträge, droht Doppelbesteuerung oder eine falsche Steuererhebung. Hinzu kommt die Koordination mit der Sozialversicherung (siehe unten). Besonders heikel sind Konstellationen, in denen Verwaltungsräte mit Wohnsitz im Ausland Entschädigungen von Schweizer Gesellschaften beziehen – hier können sowohl Quellensteuerpflichten als auch eine Sozialversicherungspflicht auf dem weltweiten Einkommen des Verwaltungsrats entstehen.

Sozialversicherungspflicht bei internationalen Mitarbeitenden

Die Schweiz hat zahlreiche bilaterale Abkommen zur Koordination der Sozialversicherung abgeschlossen. Entscheidend ist, wo die Arbeit tatsächlich ausgeübt wird – und ob es sich um eine selbständige oder unselbständige Tätigkeit handelt. Je nachdem in welchem Land ein in der Schweiz angestellter Mitarbeitender oder Verwaltungsrat wohnt, ist damit zu prüfen, in welchem Land – also in der Schweiz, im Ausland oder in beiden Staaten – diese Person ihre Sozialversicherungen abführen muss. Bei Verwaltungsräten mit Wohnsitz im Ausland kann die schweizerische Sozialversicherungspflicht unter Umständen auf ihrem gesamten weltweiten Einkommen greifen, selbst wenn diese Personen auch in anderen Staaten tätig sind. In der Praxis entstehen häufig unerwartete Doppelbelastungen, wenn mehrere Arbeitgeber oder Verwaltungsratsmandate in verschiedenen Ländern bestehen. Eine sorgfältige Planung und Vertragsausarbeitung vor Aufnahme der Verwaltungsratstätigkeit, saubere Koordination und eine dokumentierte Tätigkeitsaufteilungen sind daher unerlässlich.

Steuer-Compliance: Gewinn-, Verrechnungs-, Stempel- und Mehrwertsteuer

Während die Gewinnsteuererklärung durch die Steuerverwaltung zugestellt wird, basieren Verrechnungs-, Stempel- und Mehrwertsteuer auf Selbstveranlagung. Unternehmen müssen ihre Melde- und Zahlungspflichten also eigenständig erfüllen. Werden Fristen versäumt, drohen Verzugszinsen von aktuell 4.5 % (Stand 2025) und – bei systematischen Versäumnissen – Steuerstrafverfahren. Gerade bei wachsenden Gruppen gehen diese Fristen in der operativen Hektik schnell unter. Ein klarer Compliance-Prozess, Rollenverteilung und ein internes Kontrollsystem sind deshalb essenziell, um Sicherheit zu gewährleisten und Sanktionen zu vermeiden.

Eigenkapitalfinanzierung

Die Finanzierung über Eigenkapital unterliegt grundsätzlich der Emissionsabgabe von 1 %, wobei der erste Million Franken ein Freibetrag zusteht, sofern die Erhöhung über die Ausgabe von neuen Aktien oder Stammanteilen erfolgt. Wichtig ist, diese Grenze und allfällige Ausnahmen (etwa bei Sanierungen oder Umstrukturierungen) im Blick zu behalten. Einmal versteuertes Kapital kann in der Jahresrechnung als Kapitaleinlagereserve ausgewiesen werden. Rückzahlungen aus der Kapitaleinlagereserve unterliegen nicht der Verrechnungssteuer und sind für natürliche Personnen mit Wohnsitz in der Schweiz steuerfrei – ein erheblicher Vorteil bei späteren Ausschüttungen.
 Besondere Vorsicht gilt bei Token-Emissionen, z.B. Initial Coin Offerings (ICO): Je nach Ausgestaltung können diese steuerlich als Eigenkapital, Fremdkapital oder als Verkauf von Nutzungsrechten gelten. Auch Geldwäschereivorschriften greifen zunehmend, insbesondere bei grösseren Finanzierungsvolumen.

Fremdkapitalfinanzierung

Fremdkapital ist steuerlich attraktiv, weil Zinsen grundsätzlich abzugsfähig sind. Allerdings können Zinszahlungen an Investoren der Verrechnungssteuer unterliegen, wenn die 10/20-Nichtbankenregel überschritten wird – insbesondere bei mehreren privaten Investoren. Finanzierungen innerhalb einer Unternehmensgruppe unterliegen jedoch nur in Ausnahmefällen der Verrechnungssteuer. Eine sorgfältige Vertragsgestaltung und der Abgleich mit den sogenannten Safe-Haven-Zinssätzen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV)sind Pflicht. Bei Darlehen zwischen Gruppengesellschaften gilt dabei das Prinzip des Drittvergleichs, die Safe-Haven-Zinssätze für die ausländischen Steuerbehörden nicht bindend sind. In der Praxis entstehen häufig Risiken bei Cash-Pooling-Strukturen oder konzerninternen Refinanzierungen, vor allem wenn Auslandsgesellschaften beteiligt sind. Hier kann eine vermeintlich einfache Finanzierungsstruktur plötzlich steuerliche Konsequenzen auslösen.

Mehrwertsteuer und Bezugsteuer

Gerade in der Aufbauphase lohnt sich häufig eine freiwillige Mehrwertsteuer-Registrierung, um die auf Investitionen gezahlte Vorsteuer zurückzuerhalten. Dabei wird oft übersehen, dass auch der Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland mehrwertsteuerpflichtig ist – selbst wenn der ausländische Lieferant keine MWST ausweist und das Schweizer Unternehmen welches die Leistungen bezieht, nicht mehrwertsteuerpflichtig ist jedoch solche Dienstleistungen im Wert von über CHF 10’0000 pro Jahr bezieht. Wird die Bezugsteuer nicht deklariert, drohen Nachforderungen und Verzugszinsen. Später ist vor allem die korrekte Bestimmung des Leistungsortes entscheidend, insbesondere bei Software-, Cloud- oder Beratungsleistungen. Fehler in diesem Bereich sind häufig und führen in der Praxis zu teuren Korrekturen, weil sie meist erst bei MWST-Kontrollen auffallen.

Mitarbeiterbeteiligungen

Beteiligungsprogramme sind ein beliebtes Instrument, um Talente langfristig zu binden – steuerlich jedoch ein sensibles Feld. Echte Beteiligungen (Aktien, Optionen) können bei den Mitarbeitenden zu steuerfreien Kapitalgewinnen führen, wenn sie richtig ausgestaltet sind. Unechte Beteiligungen wie Phantom Shares oder Bonus-Pläne unterliegen dagegen der Einkommensbesteuerung. Ein Steuerruling zur Bestätigung der Behandlung ist in der Praxis dringend zu empfehlen, um spätere Diskussionen zu vermeiden. Neben der steuerlichen Behandlung ist der administrative Aufwand nicht zu unterschätzen, insbesondere die Bewertung und Dokumentation der Beteiligungen. Zudem ist zu beachten, dass bei Abgabe von Aktien die Mitarbeitenden Aktionärsrechte und die damit zusammenhängenden Stimm- und Informationsrechte erhalten – dies ist nicht immer im Sinne der bisherigen Anteilseigner.

Exit-Strukturierung

Ein Unternehmensverkauf bringt nicht nur wirtschaftliche, sondern auch erhebliche steuerliche Fragen mit sich. Bei der Tax-Due Diligence wird die steuerliche Vergangenheit der Gesellschaft detailliert geprüft. Eine saubere Dokumentation sämtlicher Steuerpositionen schafft Vertrauen und vermeidet Preisabschläge. Während Käufer meist einen Asset Deal bevorzugen, um Abschreibungen zu generieren, sind Verkäufer – insbesondere natürliche Personen in der Schweiz – am Share Deal interessiert, da sie hierdurch einen steuerfreien Kapitalgewinn realisieren können. Unterschiedliche Interessen, Earn-Out-Mechanismen und Altreserven erfordern eine frühzeitige steuerliche Begleitung und unter Umständen zusätzliche Garantien seitens der Verkäufer oder des Käufers.

Abschlussplanung und Verlustverrechnung

Die steuerliche Gewinnermittlung in der Schweiz basiert auf dem handelsrechtlichen Abschluss. Das erlaubt zwar die Bildung gewisser stiller Reserven, birgt aber auch das Risiko, dass Steuerbehörden übermässige Rückstellungen, Wertberichtigung oder Abschreibungen aufdecken. Allerdings gilt dies nicht in jedem Fall, z.B. sind die zwingenden handelsrechtlichen Bewertungsvorschriften auch von den Steuerbehörden zu beachten, und die kantonalen Steuerpraxen lassen die Bildung gewisser stiller Reserven ausdrücklich zu, z.B. die Bildung von pauschalen Wertberichtigungen auf Forderungen aus Lieferungen und Leistungen oder auf Vorräten. Trotzdem ist eine sorgfältige Abstimmung von Rechnungslegung und Steuerpraxis, insbesondere beim Jahresabschluss, wichtig. Zudem gilt das Periodizitätsprinzip: Verluste aus einem Geschäftsjahr können nur mit Gewinnen zukünftiger Geschäftsjahre verrechnet werden – aktuell maximal über sieben Jahre (Stand 2025). Gerade Start-ups und junge Life-Science und Tech-Unternehmen mit hohen Anfangsinvestitionen sollten ihre Verlustverrechnung – soweit möglich – strategisch planen, damit die Verluste steuerlich nutzbar bleiben und nicht verjähren.

Fazit: Schaffen Sie steuerliche Klarheit – bevor es kritisch wird

Steuerfallen sind kein Zeichen schlechter Führung, sondern Ausdruck der Komplexität wachsender Strukturen. Entscheidend ist, sie rechtzeitig zu erkennen und strukturiert anzugehen. Mit einem klaren steuerlichen Review, solider Dokumentation und einer abgestimmten Steuerstrategie gewinnen Unternehmen Planungssicherheit und vermeiden unnötige Kosten.

Wie BrinerTax Sie unterstützt

• Strategiepaket: Analyse Ihrer Gruppenstruktur, Identifikation der steuerlichen Risikofelder, Prioritätenplan, Ruling-Vorbereitung, Exit-Readiness.
• Compliancepaket: Überwachung von Fristen und Deklarationen, Erstellung der Steuererklärungen, Prüfung der Verrechnungssteuer- und MWST-Compliance.
• Individuelle Beratung: Punktuelle Unterstützung bei Spezialfragen – von der 10/20-Regel über Patentbox und F&E-Abzüge bis hin zu Mitarbeiterbeteiligungen oder Exit-Strukturierungen.

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FAQ – Von internationalen KMU-Gruppen häufig gestellte Fragen

Über den Autor

Adrian Briner
 dipl. Steuerexperte / dipl. Wirtschaftsprüfer
 Gründer und Inhaber der Briner Tax Advisory AG

Mit über 15 Jahren Erfahrung im Schweizer und internationalen Unternehmenssteuerrecht begleitet Adrian Briner Life-Science-, Tech- und KMU-Gruppen in komplexen Steuerfragen – von Verrechnungspreisen, Finanzierungen und Mitarbeiterbeteiligungsplänen bis zu Exit-Strukturierungen und internationalen Rulings.

Er verfügt über ausgewiesene Erfahrung in der steuerlichen Strukturierung und Dokumentation grenzüberschreitender Unternehmensgruppen und publiziert regelmässig zu Themen wie OECD-Mindeststeuer, Verrechnungspreisen und steuerlicher Compliance.

BrinerTax verarbeitet sämtliche Mandatsdaten ausschliesslich in der Schweiz, Ende-zu-Ende-verschlüsselt und DSG/DSGVO-konform.

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